Per diagnosticare le malattie autoimmuni si esegue la ricerca di anticorpi, organo-specifici e non, con metodica di immunofluoresceza indiretta (ANA, ENA, nDNA, AMA, ASMA, LKM, APCA). Questi possono essere distribuiti in tutto il corpo, o solo in una parte specifica di un determinato organo. In alcune situazioni patologiche, ci sono marcatori estremamente sensibili che possono essere rilevati mesi o addirittura anni prima dell'insorgenza dei sintomi della malattia.